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シンボリックリンクはWindowsの環境変数に CYGWIN=winsymlinks を設定していて特に問題は起きてない。
たまにシェルスクリプトを動かしてるbashが落ちて、これはなんだっけな、DLLの再配置みたいなコマンドで直ることもある。条件がよくわらないがsedが固まることがある。この辺はまあ許容範囲かなあと。
困っているのは特定の環境でネットワーク上の共有ディレクトリにアクセスする、特定の作業をするとOSがブルースクリーンで落ちるという問題。