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そんなわけで、Pythonで長く動くプロセスを書くときは
re.purge()
dircache.reset()
とかを適宜やって
キャッシュを消す必要があるということがわかりました。自前のキャッシュ機構があればそれも同様。

まあそれでもオブジェクト数、メモリ使用量ともに増えてるので、
完全解決には至ってないんですけどね。